Kitabın konusu, Pamuk'un çocukluğunda duyduğu bir hikâyeye, çocukken tanıdığı bazı kişilere dayanıyor. Pamuk bu hikâyeyi değiştirerek onu bambaşka bir şekle soktu ve roman haline getirdi. Masumiyet Müzesi esas olarak 1975 ile 1984 yılları arasında geçiyor ama hikâye günümüze kadar uzanıyor. Roman, Nişantaşlı zengin çocuğu otuz yaşındaki Kemal ile uzak akrabası on sekiz yaşındaki Füsun'un uzun soluklu aşk macerasını konu ediyor. Kemal, Türkiye'de tekstil sanayisinin büyümesiyle zenginleşen Basmacı ailesinin oğlu. On sekiz yaşındaki Füsun ise ailenin yoksul kanadından Keskinler'in küçük bir dükkânda tezgâhtarlık yapan kızı... Romanın başında, Kemal kendisi gibi zengin bir aileden gelen, iyi eğitimli Sibel ile nişanlanıyor. Ne var ki varlığını bile unuttuğu Füsun ile çalıştığı dükkânda karşılaşması, hayatını bambaşka bir yöne doğru sürüklüyor. Beklenmedik bir şekilde gelişen bu gizli aşk ve bu aşkın yıkıcı sonuçlarını, Pamuk romanında 2000'lerin ortasına kadar izliyor.

ROMAN 592 SAYFA
Masumiyet Müzesi yalnızca aşk konusunu derinlemesine ele almıyor. Tartışma, birlikte gezme, "flört", nişanlanma, evlilik öncesi sevişme gibi konulara da cesaretle giriyor. Kız istemeler, nişan törenleri, ilk buluşmalar, ayrılıklar, evlilikler, ilişkiler ve aşklar anlatılıyor. Pamuk'un bu romanı da, önceki kitaplarının çoğu gibi İstanbul'da geçiyor. Özellikle 1975 ile 1984 yılları arasındaki İstanbul'un sokakları, sinemaları, Beyoğlu, Boğaz, kitabın kalbinde. 592 sayfalık romanın 150'ye yakın kahramanının bir kısmı gerçek hayattan alınma, bir kısmı da okuyucunun tanıdığı bazı ünlü kişiler.